生根剂的使用方法大致可归纳为三种：
第一种是用低浓度生根剂水溶液浸泡扦插枝条下部，如月季花扦插枝条在吲哚丁酸和萘乙酸各50毫克/公斤的水溶液中浸泡1小时，可明显促进枝条在扦插育苗过程中生根。
第二种是用高浓度生根剂溶液短时间处理扦插枝条，如用1000毫克/公斤浓度的吲哚丁酸或其他生根剂的酒精溶液，将扦插枝条下部浸3~5秒钟，晾干后扦插，促生根作用也很好。第三种是先将生根剂溶于酒精，再与滑石粉搅匀，然后阴干，碾成粉末。使用时枝条先用水润湿，然后蘸一下这种粉末再扦插。
第三种处理方法的大优点是节省药剂。做成干燥粉末后，生根剂保持活力的时间较长，而水溶液生根剂保持活力的时间较短，在常温下3天后就失效了。在酒精溶液里生根剂保持活力的时间较长，但是把这种溶液放在冰箱里低温保存。
扦插枝条浸泡生根剂
生根剂除促进扦插枝条生根外，在树木移栽过程中，根部蘸或喷洒生根剂水溶液，能促使移栽树木多长新根，提高移栽成活率。不同植物对生根剂的敏感程度不尽相同，所以两种或两种以上生根剂混合使用效果较好。
温馨提醒：生根剂不易直接溶解于水，使用时先用酒精或50℃以上白酒少量溶解,再用60℃左右的热水冲稀,配成所需的浓度。